Der Umbau begann zunächst mit einem großen Abriss des alten Anbaues im Oktober 2004. In diesem Anbau befanden sich bis dahin die Wanderruderquartiere, welche in den Zwischenbau umverlegt wurden. Durch den Abriss des alten Anbaus sollte Platz für den neuen Anbau geschaffen werden, der den zukünftigen Kraftraum und die Umkleideräume und Sanitäranlagen des Ruder-Klubs beherbergen sollte. Im November wurde dann feierlich der Grundstein für den neuen Anbau gesetzt und die Bauarbeiten am Bootshaus begannen in vollem Umfang. Zusätzlich zum Neubau wurde das gesamte Bootshaus saniert. Der gesamte Dachstuhl wurde ausgebessert und ein neues Dach gesetzt, die Grundmauern wurden ausgebessert und verstärkt.
Es zeigte sich an vielen Stellen, dass die Sanierung keine "Kosmetik" war, sondern eine dringend notwendige Instandhaltungsmaßnahme. Der Zahn der Zeit hatte mächtig an den Balken genagt, die unser Bootshaus zum Teil noch immer aufrecht halten. Der Kraftraum, der zuvor im Zwischenbau untergebracht war, wurde im neuen Anbau errichtet. Im Zwischenbau wurden dafür neue Wände eingezogen und die Raumaufteilung geändert, um die neuen Übernachtungsquartiere für Wanderruderer zu realisieren. Der alte Balkon wurde abgerissen und durch einen neuen, größeren Balkon ersetzt. Nun war es möglich, bequem auf dem Balkon zu sitzen und den Blick auf die Havel zu genießen. Auf dem alten Balkon war es mit Tischen und Stühlen mitunter sehr eng geworden. Die Fluchtwege des Bootshauses wurden den geltenden Sicherheitsstandards angepasst. Zusätzliche Feuertreppen sollen im Brandfall eine schnelle Flucht ermöglichen. Zudem wurde ein generelles Rauchverbot im Bootshaus ausgesprochen. Dies dient zum einen dem Brandschutz zum anderen soll damit betont werden, dass es sich beim Bootshaus des RKW um eine Sportstätte und nicht um eine Kneipe handelt.
Im Juni 2005 konnte dann endlich die Einweihung des neuen Bootshauses gefeiert werden. Hans-Jörg Dahl, der damalige Vorsitzende des Ruder-Klubs Werder konnte dann auch all jene begrüßen, die großen Anteil an der Sanierung und Modernisierung hatten. Die Finanzierung des Umbaus konnte nur mit Hilfe eines Kredits, vieler ehrenamtlicher Arbeitseinsätze von Vereinsmitgliedern und der Unterstützung der Stadt Werder und des Landes (Goldener Plan Ost) realisiert werden, die das Projekt mit insgesamt 259.000 Euro unterstützt haben.
Die Rekonstruktion des alten Bootshauses kommt einem Neubau gleich und einem Neuanfang, denn diesen Kraftakt haben im Ruder-Klub Werder nicht alle Mitglieder mitgetragen. Es hat Irritationen gegeben, man könnte sich verheben und dann auf Schulden sitzen bleiben. Vielleicht gab es auch noch andere Gründe. Doch am Tage der Einweihung stand fest, dass der Optimismus, die Arbeit vieler ehrenamtlicher Helfer aus dem Verein und die Hilfe von vielen Seiten gesiegt haben und im Ergebnis ein wahres Schmuckstück am Ufer der Havel entstanden ist.